■ 2026년 6월 초 핵심 세무 브리핑: 5~6월 세무 트렌드 분석
1. 2026년 국세청 세무조사 운영방향: AI 기반 정밀조사로 전환
- 현황 : 국세청은 2026년 세무조사 운영방향을 통해 연간 조사 건수를 약 1만 4천 건 내외로 유지하면서, 악의적·지능적 탈세 영역에 조사 역량을 집중하겠다고 밝혔습니다. 특히 강남 4구·마용성 등 고가아파트 증여 거래에 대한 전수 검증과 SNS 호화생활 노출 온라인 사업자에 대한 정밀조사가 강화됩니다.
- 특징 : 2025년부터 본격 가동된 AI 기반 탈세 적발 시스템이 더욱 정교해져, 금융·카드매출·비용계상 패턴을 자동 분석한 후 비정상 거래를 자동 추출합니다. 변칙 자본거래·특수관계자 간 저가양도 등도 핵심 검증 대상입니다.
- 핵심 : 일선 사업자는 신고 단계의 정합성뿐 아니라 AI 사후검증을 견딜 수 있는 내부 증빙 체계 구축이 필수가 되었습니다.
▶ 실무 포인트 : 고가 부동산 증여 사례가 있는 고객, 콘텐츠·온라인 매출 비중이 높은 고객을 우선 점검 대상으로 분류하시기 바랍니다. 특수관계자 거래에 대해서는 시가 산정 근거자료(감정평가서, 매매사례가액 자료)를 사전에 확보해 두고, 사회질서 위반비용(보험모집 수수료 한도 위반, 대부중개수수료 상한제 위반 등) 손금부인 위험이 있는 비용은 별도 관리장부로 모니터링할 것을 권장합니다.
2. 종합부동산세 합산배제 운영 강화 및 최근 예규·판례 정비
- 현황 : 5~6월 사이 종합부동산세 관련 예규(서면-2024-부동산-1705, 서면-2025-부동산-2150, 서면-2025-부동산-2846, 서면-2026-부동산-1771)와 조세심판원 결정(조심2025서3134, 조심2026구0371)이 다수 공개되었습니다. 노인복지주택·임대 오피스텔·등록문화유산·상속주택 등 합산배제 적용 범위에 대한 해석이 정비되었습니다.
- 특징 : 사업자등록 형식보다 실질 임대 영위 사실을 우선시(조심2026구0371)하거나, 2018.9.13. 대책 발표 이전 분양권 취득분은 추후 임대등록 시에도 합산배제(서면-2026-부동산-1771)를 인정하는 등 납세자 친화적 해석이 이어지고 있습니다.
- 핵심 : 9월 종합부동산세 합산배제 신청 시즌을 앞두고 보유 주택·토지의 세제특례 적용 가능성을 사전 검토해야 합니다.
▶ 실무 포인트 : 다주택자 고객, 임대사업자 고객, 종교·문화 관련 비영리법인 고객에 대해 6~7월 중 합산배제 적용 여부를 사전 진단할 것을 권장합니다. 특히 임대사업자등록을 누락한 상태에서 실제로 주택임대업을 영위해 온 법인은 경정청구를 통한 환급 가능성을 검토하시기 바랍니다.
3. 비주거용 부동산 감정평가 과세 흐름 정착 및 상속세 실무
- 현황 : 대법원이 2024두54348, 2024두61780, 2025두30615 등 일련의 판결을 통해 과세관청이 평가심의위원회 심의를 거쳐 상속재산을 소급감정한 결과를 시가로 인정하는 입장을 거듭 확립했습니다.
- 특징 : 평가기간 경과 후 법정결정기한까지 과세관청이 의뢰한 감정평가가 '가격변동의 특별한 사정이 없을 것' 요건을 충족하면 시가로 인정되며, 그 시간적 적용범위는 가격산정기준일을 넘어 감정가액평가서 작성일까지 확장된다는 점이 명확해졌습니다.
- 핵심 : 비주거용 부동산을 상속·증여한 사례는 신고가액이 시가로 인정받기 어려운 환경이 정착되고 있어, 평가전략의 사전 설계가 더 중요해졌습니다.
▶ 실무 포인트 : 비주거용 부동산을 포함한 상속·증여 컨설팅에서는 (1) 신고 단계에서 자체적으로 2개 이상의 감정기관 평가를 받아 보충적 평가방법 대신 객관적 시가로 신고하는 방안, (2) 시가가 형성되지 않은 토지·건물의 경우 평가심의위원회 신청 절차를 선제적으로 활용하는 방안을 적극 검토하시기 바랍니다.
4. 2026년 시행 개정세법 적용 본격화: 자영업자 지원과 가계 공제 확대
- 현황 : 2026년부터 영세 자영업자(폐업 전 연 평균 매출 15억 원 미만, 무재산 등 요건 충족)에 대해 최대 5천만 원 한도의 체납세금 소멸 제도가 신설되었고, 자녀 1인당 신용카드 등 사용금액 소득공제 한도가 최대 50만 원씩 상향되었습니다. 만 9세 미만 자녀의 예체능 학원비도 교육비 세액공제 대상에 추가되었습니다.
- 특징 : 5월 종합소득세 신고와 6월 성실신고확인 신고 단계에서 가계의 공제 확대 혜택과 자영업자 세정지원 혜택이 동시에 적용되며, 국세청은 산불·재해 피해 사업자와 소상공인 약 265만 명을 대상으로 납부기한 연장(최대 9개월) 직권 적용을 이어가고 있습니다.
- 핵심 : 신고 단계에서 새로운 공제·감면 항목을 누락 없이 반영하는 것이 절세 효과를 좌우합니다.
▶ 실무 포인트 : 자녀가 있는 근로소득자·종합소득세 신고자에 대해서는 신용카드·체크카드 공제 한도 재계산이 필요하며, 만 9세 미만 자녀의 예체능 학원비 영수증을 별도 수취·관리하도록 안내하시기 바랍니다. 자영업자 고객에 대해서는 체납세금 소멸 제도 적용 가능성(매출요건·재산요건)을 사전 진단하고, 납부기한 연장 직권 적용 대상 여부를 홈택스에서 사전 확인할 것을 권장합니다.
※ 2026년 6월 주요 세무일정
1. 6월 10일 (수)
- 원천세 신고·납부 (2026년 5월분)
- 인지세 납부 (2026년 5월 작성분)
- 취업 후 학자금 상환(ICL) 원천공제 신고·납부 (2026년 5월분)
2. 6월 15일 (월)
- 근로내용 확인신고서 제출 (일용근로자, 2026년 5월분)
- 용역제공자 과세자료 제출 (2026년 5월 소득 발생분)
3. 6월 25일 (목)
- 개별소비세(과세유흥장소) 신고·납부 (2026년 5월분)
4. 6월 30일 (화)
- 종합소득세 확정신고·납부 (성실신고확인 대상자, 2025년 귀속)
- 개인지방소득세 확정신고·납부 (성실신고확인 대상자, 2025년 귀속)
- 3월말 결산법인 법인세 신고·납부 (2025.4~2026.3)
- 12월말 결산법인 법인세 분납분 납부 (중소기업, 2025년 귀속)
- 10월말 결산법인 법인세 중간예납 (2025.11~2026.4, 해당 시)
- 양도소득세 예정신고·납부 (2026년 4월 양도분)
- 개별소비세(석유류·담배) 신고·납부 (2026년 5월분)
- 교통·에너지·환경세 신고·납부 (2026년 5월분)
- 간이지급명세서(거주자 사업소득/기타소득) 제출 (2026년 5월 지급분)
- 자동차세 1기분 납부 (6/16~6/30)
▶ 핵심 체크포인트
- 성실신고확인 종합소득세 신고(6/30): 6월의 가장 핵심적인 업무입니다. 2025년 귀속 성실신고확인 대상 사업자의 종합소득세·개인지방소득세 확정신고·납부 기한이며, 성실신고확인비용 세액공제(연 120만 원 한도)를 빠짐없이 반영해야 합니다. 미제출 시 산출세액의 5% 가산세가 부과되므로 사전 점검이 필요합니다.
- 3월말 결산법인 법인세(6/30): 3월 결산법인의 법인세 확정신고 기한입니다. 법인지방소득세는 7월 31일까지이며, 외부감사 대상 법인은 결산 일정 조율과 함께 가산세·중간예납세액 정산을 미리 마쳐야 합니다.
- 12월 결산법인 법인세 분납(6/30): 중소기업의 경우 4월 30일 법인세 신고 시 분납 신청한 세액의 납부기한(2개월)이 6월 30일로 도래합니다. 자금계획상 분납 가능 여부를 사전 확인하여 가산세를 예방해야 합니다.
- 양도소득세 예정신고(6/30): 2026년 4월 양도분에 대한 예정신고·납부 기한입니다. 1세대 1주택 비과세 적용 여부, 장기보유특별공제 보유기간 기산점 등은 최근 판례(조심2026중0090) 흐름과 일치하는지 재확인이 필요합니다.
- 자동차세 1기분(6/30): 비영업용 승용차 등 자동차세 제1기분 정기분 납부 기한입니다. 사업용 차량 보유 법인의 경우 일괄 납부 처리와 비용 인식 시점을 점검하시기 바랍니다.
담당전문가 김광수 세무사
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