안녕하세요. 곽영국 세무사입니다.

이번 2026년 3월 뉴스레터에서는 주요 판례 23건과 국세청 최신 예규·해석 12건을 함께 분석했습니다.

모두 최근 실무에서 쟁점이 되고 있는 핵심 이슈를 다루고 있습니다. 

Ⅰ. 최근 법령·판례 동향 (23건)

1. 삼성전자 퇴직금 청구의 소 (대법원 2021다248299)

- 사실관계: 삼성전자 근로자들이 퇴직 시 '목표 인센티브'와 '성과 인센티브'가 제외된 평균임금을 기초로 퇴직금이 산정되자, 해당 인센티브를 포함해 재산정한 퇴직금 차액을 청구하였습니다.

- 대법원 판단: '목표 인센티브'는 임금에 해당하여 평균임금 산정 시 포함되어야 하나, '성과 인센티브'는 임금에 해당하지 않습니다.

- 주요 근거: 목표 인센티브는 지급 기준과 규모가 사전에 확정되어 있어 근로 제공과 밀접한 관련이 있는 임금으로 보았습니다. 반면, 성과 인센티브(EVA 기반)는 근로자가 통제할 수 없는 외부 요인에 따라 지급 여부가 결정되므로 근로의 대가인 임금으로 보기 어렵다고 판단했습니다.

2. 명의대여자의 기납부세액 충당 문제 (대법원 2024두50681)

- 사실관계: 봉직의(원고)가 실제 사업주(A)에게 명의를 대여하여 사업소득세를 납부했으나, 이후 실제 사업주가 밝혀지자 과세관청은 원고의 기납부세액을 A의 체납세액에 충당하고 원고에게 다시 근로소득세를 부과하였습니다.

- 대법원 판단: 명의대여자가 납부한 세액의 법률효과는 명의대여자 본인에게 귀속되므로, 이를 타인의 체납액에 충당하고 원고에게 다시 과세한 처분은 무효입니다.

- 주요 근거: 종합소득을 신고·납부했다면 소득 구분이나 금액에 오류가 있더라도 그 납부 효과는 거주자 본인에게 귀속됩니다. 납부 자금을 실제 사업주가 부담했더라도 납부 효과는 명의대여자에게 발생하며, 이는 이미 소멸한 납세의무에 대해 다시 과세한 것이 되어 중대·명백한 하자가 됩니다.

3. 장기부채의 현재가치 할인평가 (대법원 2025두34604)

- 사실관계: 합병 과정에서 비상장주식 가치를 평가하며 자회사의 부채(임대보증금 등)를 현재가치로 할인할 것인지가 쟁점이 되었습니다. 원심은 반환 시기가 5년 이내로 확정되었다고 보아 할인을 부정했습니다.

- 대법원 판단: 해당 부채는 회수 기간이 정해지지 않은 것으로 보아 5년의 회수 기간을 적용하여 현재가치로 할인 평가해야 합니다.

- 주요 근거: 상증세법상 부채 평가 시 변제기가 불분명하거나 유동적인 경우 회수 기간을 5년으로 보아 할인해야 합니다. 평가기준일 당시 임차인들의 조기 분양 전환 신청 여부가 불확실했으므로, 이는 회수 기간이 정해지지 않은 장기성 채무에 해당합니다.

4. 창업중소기업 취득세 감면 범위 (대법원 2025두34876)

- 사실관계: 종전 법인을 운영하던 사업주가 배우자를 대표로 내세워 새 법인을 설립하고 부동산을 취득해 창업 감면을 받았습니다. 과세관청은 이를 '사업 확장 또는 폐업 후 재개'로 보아 감면액을 추징했습니다.

- 대법원 판단: 법인격이 다르더라도 실질적인 경영주가 동일하다면 창업으로 볼 수 없는 사유(사업 확장 등)에 해당할 수 있으므로 추가 심리가 필요합니다.

- 주요 근거: 지방세 감면 제도는 '원시적인 사업 창출'에 혜택을 주는 것이 목적입니다. 따라서 명의자가 다르더라도 실질적 경영자가 동일하다면, 해당 규정상의 행위 주체가 동일한 것으로 보아 창업 여부를 엄격히 판단해야 합니다.

5. 임대업자의 오피스텔 취득세 추징 (대법원 2025두35061)

- 사실관계: 오피스텔을 분양받아 취득세를 감면받은 임대사업자가 임차인이 해당 호실에서 미신고 숙박업을 한다는 사실을 알면서도 임대하였고, 이에 관청이 취득세를 추징했습니다.

- 대법원 판단: 임대사업자가 주거 외 용도로 사용될 것을 알면서 임대한 경우, 이는 '임대 외의 용도 사용'에 해당하여 추징 대상이 됩니다.

- 주요 근거: 취득세 감면은 실제 주거용 임대에 한해 부여됩니다. 비록 직접 사용한 주체가 임차인일지라도, 임대사업자가 이를 인식하고 용인했다면 사업자 본인의 책임으로 평가되어 감면 취지에 어긋나는 행위가 됩니다.

6. 취득세 중과세 대상인 고급주택 해당 여부 (대법원 2025두35153)

- 사실관계: 납세자가 주택을 취득한 후, 과세관청은 해당 주택이 지방세법령상 '고급주택' 기준을 초과한다고 보어 중과세율을 적용해 취득세를 부과하였습니다. 이 과정에서 시가표준액 산정의 기준이 되는 '주택가격비준표'의 법적 성격이 쟁점이 되었습니다.

- 대법원 판단: 주택가격비준표는 법규적 성질을 가지며, 이를 기준으로 산정한 가액이 법령 정한 기준을 초과한다면 고급주택으로 보아 중과세하는 것이 타당합니다.

- 주요 근거: 국토교통부장관이 제공하는 주택가격비준표는 개별주택가격 산정의 직접적인 기준이 되므로 대외적 구속력이 있는 법규명령에 해당합니다. 따라서 과세관청이 비준표에 따라 적법하게 산정한 가액이 중과 기준을 넘었다면, 해당 주택은 취득세 중과 대상인 고급주택에 해당합니다.

7. 관리신탁의 신탁법상 신탁계약 해당 여부 (대법원 2025두35008)

- 사실관계: 위탁자가 수탁자에게 부동산 소유권 명의만 이전하고 실질적인 관리·처분권은 위탁자가 그대로 보유하는 내용의 '관리신탁계약'을 체결했습니다. 과세관청은 명의 이전을 근거로 취득세를 부과하려 하였으나, 이것이 신탁법상 유효한 신탁인지가 문제가 되었습니다.

- 대법원 판단: 해당 계약은 실질적인 재산권의 이전이나 관리 권능의 부여가 없는 '무늬만 신탁'으로, 신탁법상 신탁에 해당하지 않습니다.

- 주요 근거: 수탁자가 부동산에 대한 관리·처분 권한이 전혀 없고 보수도 지급받지 않으며, 수익자가 일체의 권한을 행사하는 경우라면 이는 소유권 명의만을 변경하는 것에 불과합니다. 신탁의 본질인 '신뢰에 바탕을 둔 재산의 관리·처분'이 결여되었으므로 이를 근거로 한 세법상 신탁 규정을 적용할 수 없습니다.

8. 외국인투자기업의 배당소득 감면 및 원천징수 (대법원 2021두51041)

- 사실관계: 외국인투자기업이 유상증자 등을 통해 취득한 주식에 대해 배당을 실시하면서 조세특례제한법상 감면을 적용했습니다. 과세관청은 감면 대상 사업에서 발생한 소득 비중과 조세조약상 제한세율 적용 방식이 잘못되었다고 보아 법인세를 추가 징수했습니다.

- 대법원 판단: 감면액 산정 시 감면대상사업 소득 비율을 엄격히 적용해야 하며, 제한세율과 감면 후 세액 중 적은 금액을 납부세액으로 결정한 처분은 정당합니다.

- 주요 근거: 조세특례제한법령은 감면대상사업에서 발생한 소득의 비율에 따라 배당금 감면액을 계산하도록 규정하고 있습니다. 또한, 조세조약상 제한세율이 적용되는 경우 '제한세율 적용 세액'과 '국내법상 감면 적용 후 세액'을 비교하여 적은 금액을 납부하도록 한 산출 규정은 적법합니다.

9. 거래처 직원 대상 할인판매의 접대비 해당 여부 (대법원 2025두34772)

- 사실관계: 스포츠 브랜드 업체가 직원매장에서 자사 직원뿐만 아니라 협력업체 직원 등에게도 제품을 할인 판매했습니다. 과세관청은 협력업체 직원에게 제공된 할인액만큼을 '접대비'로 보아 한도 초과액을 손금불산입했습니다.

- 대법원 판단: 해당 할인액은 특정인과의 친목 도모를 위한 것이 아니라 판매촉진을 위한 마케팅 활동의 일환이므로 접대비로 볼 수 없습니다.

- 주요 근거: 할인 혜택이 협력업체 직원뿐만 아니라 추천인, 연예인 등 불특정 다수를 포함한 넓은 범위에 제공되었고, 이는 브랜드 인지도 향상 및 재고 소진을 위한 통상적인 경영 활동입니다. 따라서 특정 거래처와의 관계 원활화를 목적으로 하는 접대비의 성격보다는 판매부대비용의 성격이 강합니다.

10. 재건축 조합운영비의 취득가액 포함 범위 (대법원 2025두34052)

- 사실관계: 주택재건축정비사업조합이 아파트를 신축하면서 지출한 조합운영비(총회 비용, 대의원회의비, 홍보비 등)를 취득세 과세표준인 '취득가격'에 포함할 것인지를 두고 경정청구를 제기했습니다.

- 대법원 판단: 총회 관련 비용이나 대의원회의비 등 필수적인 운영비는 취득가격에 포함되나, 홍보비 등 판매 관련 비용은 제외되어야 합니다.

- 주요 근거: 취득세 과세표준이 되는 취득가격은 해당 물건을 취득하기 위해 필수적으로 지출된 직접·간접비용을 말합니다. 조합 운영에 필수적인 의사결정 비용은 간접비용으로서 취득가격에 포함되지만, 분양을 위한 광고선전비나 판매 촉진 목적의 비용은 신축 자체를 위한 비용으로 보기 어려워 제외하는 것이 타당합니다.

11. 외국 관계사에 지급한 중개수수료의 교육세 과세표준 제외 (대법원 2025두35074)

- 사실관계: 국내 금융투자업자(원고)가 해외 고객의 주문을 공동으로 중개한 외국 관계사(국내 미인가 업체)에게 수령한 중개수수료의 절반을 지급하였습니다. 과세관청은 해당 수수료 전체를 교육세 과세표준에 포함하여 과세하였습니다.

- 대법원 판단: 외국 관계사에 지급한 해당 수수료는 교육세 과세표준에서 제외되어야 합니다.

- 주요 근거: 국내 인가가 없더라도 국외에서 적법하게 중개업무를 수행하는 외국 투자매매업자·투자중개업자는 교육세 과세표준 산정 시 수수료를 분배받는 '다른 회사'에 포함된다고 보아야 합니다. 이는 실질귀속에 따라 타사에 지급한 수수료 상당액을 차감하려는 관련 법령의 입법 취지에 부합하며, 국내 인가 여부로 이를 차별할 이유가 없기 때문입니다.

12. [양도소득세] 재산분할 협의서의 형식보다 '실질적 매매' 관계 입증 시 취득시기 산정 기준

사건번호: 조심2022인8124 (2026.01.23) 

- 핵심 쟁점 : 이혼 시 작성된 재산분할협의서라는 형식에도 불구하고, 실제 현금을 지급하고 주택 소유권을 이전받은 경우 이를 '재산분할'로 볼 것인지 '유상 매매'로 볼 것인지 여부 

- 결정 요지 : [취소 / 납세자 승] 청구인이 전처에게 현금을 포함한 금전을 지급하는 조건으로 주택 소유권을 이전받기로 한 협의 내용이 확인되고, 실제 대가가 지급된 점으로 보아 형식은 재산분할이나 실질은 '매매'에 해당함. 따라서 취득시기를 전처의 당초 취득일이 아닌 청구인의 잔금청산일로 보아야 하므로 1세대 1주택 비과세 적용이 타당함.

- 시사점 : 과세관청은 등기원인(재산분할) 등 형식적 요건을 중시하지만, 조세심판원은 대금 지급 사실 등 실질적인 거래 관계를 우선합니다. 계약의 실질이 유상 거래임을 입증할 수 있는 자금 출처 및 이체 증빙 확보가 비과세 판단의 핵심입니다.

13. [증권거래세] 주식 양도 시 발행법인의 벤처기업 요건 상실 여부와 면제 적용

사건번호: 조심2024서5787 (2026.02.09) 

- 핵심 쟁점 : 조특법상 증권거래세 면제 대상인 벤처기업 주식을 양도할 때, 양도 시점에 해당 기업이 벤처기업 요건을 유지하고 있어야 하는지 여부 

- 결정 요지 : [취소 / 납세자 승]** 취득 당시 창업기업 또는 벤처기업 요건을 충족했고, 양도자가 투자조합 등 자격을 유지하고 있다면 족함. 양도 시점까지 벤처기업 지위를 유지해야 한다고 해석하는 것은 장기 투자자에게 불이익을 주어 벤처투자 활성화라는 입법 취지에 어긋남.

- 시사점 : 벤처투자 세제 혜택은 '사후관리'보다 '취득 당시의 요건'과 '투자자의 자격'에 더 방점이 찍혀 있습니다. 기업의 성장에 따라 벤처 인증이 만료되더라도 초기 투자 시점의 요건을 근거로 면제 혜택을 주장할 수 있습니다.

14. [취득세] 전입신고가 지연되었더라도 '실거주' 사실이 입증되면 감면 유지

사건번호: 조심2025방1621 (2025.12.02) 

- 핵심 쟁점 : 출산·양육 목적 주택 취득 후 3개월 내 전입신고를 하지 못한 경우(배우자의 온라인 동의 누락 등 절차적 착오), 취득세 추징이 정당한가? 

- 결정 요지 : [취소 / 납세자 승]** 청구인이 전입신고를 시도했으나 행정적 사유로 취하된 점, 자녀의 병원 진료 기록 및 거주지로 지인을 초대한 카카오톡 메시지 등 생활 반응을 통해 실제 상시 거주 사실이 확인되므로 추징 처분은 부당함.

- 시사점 : 주민등록이라는 형식적 요건보다 '실질적 거주' 여부를 우선시한 사례입니다. 절차적 실수로 신고가 늦어졌더라도 실제 거주를 증명할 수 있는 간접 증빙(진료비, 택배, 통신 내역 등)의 중요성을 보여줍니다.

15. [상속세] 평가기준일 전후 시가 인정 기간 외의 매매사례가액 적용 타당성

사건번호: 조심2025서0216 (2026.01.28) 

- 핵심 쟁점 : 상속개시일 전 약 2년 전의 매매사례가액을 '가격변동의 특별한 사정이 없는 것'으로 보아 시가로 인정할 수 있는지 여부 

- 결정 요지 : [경정 / 부분 인용]** 공동주택가격이 매년 10% 가까이 상승했고, 금리 인상 등 부동산 시장의 급격한 변화가 있었던 점에 비추어 2년 전 가액을 그대로 시가로 보는 것은 부적절함. 다만, 감정가액은 적법한 절차를 거친 평가액으로 인정함.

- 시사점 : 평가기간(6개월) 밖의 매매가액을 시가로 끌어다 쓸 때는 시장 환경 변화에 따른 '특별한 사정' 유무를 엄격히 따져야 합니다. 시장 지표(실거래가 지수, 금리 등)를 활용해 시가의 적정성을 다툴 필요가 있습니다.

16. [증여세] 대출 목적의 일시적 주식 명의이전과 환원에 대한 증여세 부과 여부

사건번호: 조심2025서1700 (2026.01.26) 

- 핵심 쟁점 : 부친으로부터 주식을 이전받았다가 약 1년 후 반환한 거래를 조세회피 목적의 명의신탁 증여의제로 볼 수 있는지 여부 

- 결정 요지 : [취소 / 납세자 승]** 청구인의 재산 가치가 실질적으로 증가하지 않았고, 대출 등을 목적으로 일시적으로 명의만 이전했다가 환원한 사실이 확인됨. 발생한 배당소득세 차액 등 조세 경감 수준이 미미하여 조세회피 목적이 있다고 보기 어려움.

- 시사점 : 명시적인 증여 의사 없이 담보 제공이나 신용 확보를 위해 일시적으로 명의를 빌려주는 경우, 실질적 지배권 행사 여부와 조세회피 금액의 규모를 기준으로 대응해야 합니다.

17. [법인세] 부과제척기간 임박을 이유로 과세전적부심사 기회를 박탈한 처분의 당부

사건번호: 조심2025서2609 (2026.02.10)

- 핵심 쟁점 : 부과제척기간 만료가 임박했다는 이유로 과세전통지를 생략하고 즉시 고지한 경우, 이것이 납세자의 절차적 권리(과세전적부심사)를 침해한 부당한 처분인지 여부

- 결정 요지 : [취소 / 납세자 승]

처분청은 이전 세무조사나 관련 판결을 통해 충분히 사전에 과세할 수 있는 기회가 있었음에도, 이를 방치하다가 제척기간 만료 직전에야 고지한 것으로 보임. 이는 과세전적부심사 기회를 부여하지 못할 '부득이한 사정'이 있다고 보기 어려우므로, 절차상 중대한 하자가 있는 처분임.

- 시사점 : 과세관청의 절차 준수 의무를 강조한 사례입니다. 제척기간 만료가 임박했다 하더라도, 관청의 과실이나 태만으로 인해 납세자의 사전 권리 구제 절차가 생략되었다면 해당 과세처분은 무효가 될 수 있음을 시사합니다.

18. [양도소득세] 동일 주택 거주 자녀세대와의 '생계 같이 하는 1세대' 판단 기준

사건번호: 조심2025서3732 (2026.01.22)

- 핵심 쟁점 : 1주택을 소유한 자녀가 부모와 같은 아파트에 거주하는 경우, 이를 '동일 세대'로 보아 1세대 2주택 양도소득세를 부과하는 것이 타당한가?

- 결정 요지 : [취소 / 납세자 승]

해당 주택이 방 5개 등으로 충분히 독립된 공간 분리가 가능한 점, 자녀가 별도의 소득원이 있고 부모와 자금 거래가 있었다 하더라도 그것이 일시적 지원(유무상통)에 불과할 뿐 생계를 완전히 같이 한다고 보기 어려운 점 등을 근거로 별도 세대로 인정함.

- 시사점 : 주민등록상 동일 세대라 하더라도 주거 공간의 분리 여부, 각 세대의 경제적 독립성 등을 입증할 수 있다면 별도 세대로 인정받아 비과세 혜택을 지킬 수 있습니다. 특히 대형 평수 아파트에서의 합가 시 유용한 논리입니다.

19. [부가가치세] 실공급자와 세금계산서 발행자가 다른 경우 '선의의 거래당사자' 인정 여부

사건번호: 조심2025서3874 (2026.02.09)

- 핵심 쟁점 : 실제 공사를 수행한 업체와 세금계산서를 발행한 법인의 법인격이 다른 경우(사실과 다른 세금계산서), 매입자가 이를 알지 못한 데에 과실이 있는지 여부

- 결정 요지 : [취소 / 납세자 승]**

두 업체의 상호가 거의 동일하고 대표자 또한 같은 인물이었던 점, 수사기관에서도 매입자의 공모 혐의를 인정하지 않은 점 등에 비추어 볼 때, 납세자가 주의의무를 다했음에도 법인격의 차이를 인지하지 못한 '선의의 거래당사자'로 보는 것이 타당함.

- 시사점 : 사실과 다른 세금계산서 수취 시, 거래 상대방의 외관(상호, 대표자 등)이 유사하여 혼동할 수밖에 없었다는 점과 정상적인 대금 지급 증빙을 확보하는 것이 매입세액 공제를 지키는 핵심입니다.

20. [상속세] 상속개시일 전 2년 이내의 매매사례가액을 시가로 적용할 수 있는지 여부

사건번호: 조심2025서3974 (2026.01.29)

- 핵심 쟁점 : 상속개시일로부터 약 2년 전 발생한 유사 주택의 매매가액을 평가심의위원회를 거쳐 시가로 보아 과세한 처분의 적정성

- 결정 요지 : [기각 / 납세자 패]

비교 대상 주택이 같은 단지 내 동일한 면적·구조·방향을 가진 아파트이고, 평가기준일 전후로 가격변동의 특별한 사정이 없다고 평가심의위원회에서 판단된 점, 공동주택가격 차이도 미미(2.5%)하여 상증세법상 요건을 충족하므로 해당 가액을 시가로 인정함.

- 시사점 : 평가기간(전 6개월, 후 9개월) 밖의 거래라 하더라도 유사성이 높고 가격 변동이 크지 않다면 시가로 인용될 위험이 있습니다. 납세자는 반대로 해당 기간 내 시장 가격의 급락이나 개별적 특수성을 입증하여 가격 변동의 '특별한 사정'을 적극 주장해야 합니다.

21. [양도소득세] 부동산 신축·분양 목적의 양도를 사업소득이 아닌 양도소득으로 본 처분의 적정성

사건번호: 조심2025인2662 (2026.01.22)

- 핵심 쟁점 : 부동산을 취득하여 건물을 멸실하고 근린생활시설을 신축·분양하는 과정에서 발생한 소득을 '사업소득(부동산매매업)'으로 볼 것인지, '양도소득'으로 볼 것인지 여부

- 결정 요지 : [취소 / 납세자 승]

청구인이 작성한 사업성검토보고서, 관리형토지신탁계약서 및 대출약정서 등에 비추어 볼 때, 해당 부동산의 양도는 명백히 판매를 목적으로 한 신축분양 사업 과정의 일환으로 보임. 따라서 이를 양도소득으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이며, 사업소득으로 과세함은 별론으로 하더라도 양도소득세 부과처분은 취소함이 타당함.

- 시사점 : 동일한 부동산 양도라도 사업적 목적(신축·분양 등)이 객관적 서류(대출약정, 사업계획서)로 입증된다면 양도소득이 아닌 사업소득으로 분류될 수 있습니다. 이는 세율 및 필요경비 인정 범위에서 납세자에게 유리하게 작용할 수 있음을 보여주는 사례입니다.

22. [부가가치세] 국민주택단지 내 조경공사의 부가가치세 면제 대상 여부

사건번호: 조심2025전1843 (2025.10.20)

- 핵심 쟁점 : 국민주택 건설 과정에서 부수되는 조경공사(어린이놀이터, 운동시설 설치 등)를 조특법상 면세 대상인 '국민주택 건설용역'으로 볼 수 있는지 여부

- 결정 요지 : [취소 / 납세자 승]

조경공사는 주택법령 및 관련 조례에 따라 주택건설 시 반드시 포함되어야 하는 필수 부대시설 공사에 해당함. 건설산업기본법에 따라 등록된 업체가 공급하는 이러한 용역은 건물 자체의 건축뿐만 아니라 주택건설에 필수적인 용역으로 보아야 하므로 부가가치세 면제 대상에 해당함.

- 시사점 : '국민주택 건설용역'의 범위를 건물 축조에만 한정하지 않고, 법령상 강제되는 조경 및 부대시설 설치까지 폭넓게 인정한 사례입니다. 건설 관련 실무에서 면세 적용 범위를 판단할 때 중요한 근거가 됩니다.

23. [상속세] 특정 목적(진입로 확보 등)으로 거래된 소수 지분의 매매가액을 전체 필지의 시가로 볼 수 있는지 여부

사건번호: 조심2025중3270 (2026.01.15)

- 핵심 쟁점 : 상속개시 전 2년 이내에 거래된 소수 지분의 매매가액을 평가심의위원회를 거쳐 상속 부동산 전체의 시가로 적용하는 것이 타당한가?

- 결정 요지 : [경정 / 부분 인용]

해당 지분 거래는 인접한 공장 부지의 진입로 및 옹벽 설치라는 특수한 목적을 위해 거래된 것으로, 위치와 용도가 특정되어 있음. 반면 상속받은 나머지 토지는 공장 용지 조성에서 제외된 상태이므로, 특정 목적의 지분 거래 가액을 성격이 다른 전체 토지의 시가로 그대로 적용하는 것은 부적절함.

- 시사점 : 매매사례가액이 존재하더라도 그 거래가 진입로 확보 등 '특수한 목적'을 띠고 있거나 거래 대상 간의 '질적 차이'가 명확하다면, 이를 시가로 원용하는 과세관청의 논리에 대응할 수 있음을 시사합니다.

Ⅱ. 최근 예규·해석 동향 (12건)

1. 인사/급여 및 원천징수 분야

① 통상임금 소송 판결에 따른 추가 지급액의 원천징수 방법

 - 문서번호: 서면-2026-원천-4165 (2026.02.05.)

 - 쟁점: 법원 판결에 따라 과거 연도의 통상임금을 재산정하여 근로자에게 추가 지급할 때, 해당 소득의 귀속 시기 및 원천징수(연말정산 재정산) 기한

 - 해석: 추가 지급하는 임금의 수입시기는 '근로를 제공한 날(과거 연도)'입니다. 판결이 당해 과세기간 경과 후에 확정된 경우, 회사는 '판결이 있는 날이 속하는 달의 다음 달 말일'까지 근로소득 연말정산을 다시 하여 세액을 원천징수하고, 그다음 달 10일까지 신고·납부해야 합니다.

 - 실무 포인트: 인사/급여팀에서는 임금 소송 패소 등으로 과거 급여를 소급 지급할 경우, 지급 시점이 아닌 과거 근로 제공 연도를 기준으로 연말정산을 재실시해야 함을 유의해야 합니다.

2. 소득세 및 조세특례 분야

① 세액공제 미적용 연금보험료의 당해 연도 납입분 전환 특례

 - 문서번호: 사전-2025-법규소득-1221 (2026.01.30.)

 - 쟁점: 이전 과세기간에 납입했으나 세액공제를 받지 않은 금액을 당해 연도 납입분으로 전환 신청할 때의 처리 방법

 - 해석: 연금계좌 가입자가 공제받지 않은 금액의 전부 또는 일부를 해당 과세기간 납입분으로 전환 신청한 경우, 해당 금액은 연금계좌에서 가장 먼저 인출되어 신청일에 다시 납입된 것으로 봅니다.

 - 실무 포인트: 과거에 한도 초과 등으로 공제받지 못한 연금 보험료가 있다면, 금융기관에 전환 신청을 함으로써 당해 연도 세액공제 한도 내에서 활용할 수 있습니다.

② 연금저축계좌 일시금 인출 시 소득 구분

 - 문서번호: 서면-2024-소득-2982 (2026.01.28.)

 - 쟁점: 연금저축계좌에서 연금수령 요건을 충족하여 전액 인출할 때 연금소득과 기타소득의 구분 기준

 - 해석: 연금수령 요건을 모두 충족하여 인출한 금액은 연금소득에 해당합니다. 다만, 연금수령한도를 초과하여 인출한 금액은 기타소득으로 분류됩니다.

 - 실무 포인트: 연금저축 해지 시 수령한 금액이 전액 연금소득으로 과세되는 것이 아니라, 수령 한도 내 금액만 연금소득(저율 과세)이 적용되므로 한도 관리가 필요합니다.

③ 폐업 후 동일 업종 재개업 시 창업 해당 여부

 - 문서번호: 서면-2024-소득-4572 (2026.01.26.)

 - 쟁점: 기존 사업장과 동일한 세분류 업종으로 다시 사업자등록을 한 경우 '창업'으로 인정받아 감면 혜택을 받을 수 있는지 여부

 - 해석: 폐업 후 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 다시 개시하는 경우에는 창업으로 보지 않습니다. 이때 업종의 분류는 한국표준산업분류에 따른 '세분류'를 기준으로 판단합니다.

 - 실무 포인트: 창업중소기업 세액감면 등을 검토할 때, 종전 사업과의 업종 유사성을 세분류 단계까지 꼼꼼히 대조하여 창업 배제 사유에 해당하지 않는지 확인해야 합니다.

④ 민법상 조합을 통한 벤처투자 시 소득공제 가능 여부

 - 문서번호: 서면-2024-소득-4815 (2026.02.13.)

 - 쟁점: 거주자가 직접 투자가 아닌 '민법상 조합'을 거쳐 벤처투자조합 등에 투자하는 경우 조특법상 소득공제가 적용되는지 여부

 - 해석: 거주자가 민법상 조합을 통해 투자하는 경우에는 조세특례제한법 제16조 제1항에 따른 소득공제를 적용하지 않습니다.

 - 실무 포인트: 벤처투자 소득공제를 받기 위해서는 법령에서 정한 직접 투자 방식이나 인정된 조합 형태를 갖추어야 하며, 민법상 조합 형태의 우회 투자는 공제 대상에서 제외됩니다.

⑤ 벤처투자 소득공제 후 3년 내 지분 회수 시 추징

 - 문서번호: 서면-2025-소득-4244 (2026.02.06.)

 - 쟁점: 소득공제를 받은 후 의무 보유 기간인 3년이 지나기 전에 지분을 이전하거나 회수할 경우의 세액 추징 여부

 - 해석: 출자일로부터 3년이 경과하기 전에 지분이나 투자금을 회수하는 경우, 법령에서 정한 추징 제외 사유(해외이주 등)에 해당하지 않는 한 이미 공제받은 세액을 추징합니다.

 - 실무 포인트: 벤처투자 소득공제 혜택을 유지하려면 최소 3년의 보유 기간을 준수해야 하며, 중도 회수 시에는 기공제 세액 환급 가능성을 반드시 안내해야 합니다.

⑥ 어린이집의 기부금 영수증 발급 가능 여부

 - 문서번호: 서면-2025-소득-2201 (2026.01.26.)

 - 쟁점: 개인으로 보는 단체인 어린이집이 기부자에게 기부금 영수증을 발행할 수 있는지 여부

 - 해석: 개인으로 보는 단체인 어린이집은 법인세법상 '공익법인 등'에 해당하지 않으므로 (전자) 기부금 영수증을 발급할 수 없습니다.

 - 실무 포인트: 어린이집에 대한 기부 시 해당 기관이 기부금 영수증 발행 권한이 있는 법인격인지 먼저 확인해야 세액공제 혜택을 받을 수 있습니다.

⑦ 지역가입자 사업주의 건강보험료 필요경비 산입

 - 문서번호: 서면-2025-소득-2940 (2026.01.28.)

 - 쟁점: 1인 사업주인 지역가입자가 납부한 건강보험료(금융소득 포함 산정분)를 사업소득의 필요경비로 넣을 수 있는지 여부

 - 해석: 지역가입자인 사업주가 부담하는 건강보험료는 소득세법령에 따라 전액 필요경비 산입 대상에 해당합니다.

 - 실무 포인트: 사업주의 건강보험료는 사업과 직접 관련된 비용으로 인정되므로, 종합소득세 신고 시 빠짐없이 비용으로 반영하여 절세할 수 있습니다.

3. 부가가치세 및 소비세 분야

① 재건축 조합원에게 무상 제공되는 가전제품의 면세 여부

 - 문서번호: 재정경제부 부가가치세제과-97 (2026.02.11.)

 - 쟁점: 국민주택 규모 이하 조합원에게 무상 제공되는 가전제품(TV, 냉장고 등)이 주택 건설 용역에 부수되는 면세 대상인지 여부

 - 해석: 재건축 조합이 무상으로 제공하는 비데, LED TV, 냉장고 등은 국민주택 건설 용역에 통상적으로 부수되는 재화로 볼 수 없으므로 면세 대상에서 제외됩니다.

 - 실무 포인트: 국민주택 건설 자체는 면세이나, 별도 제공 품목은 과세 재화로 분류되어 부가가치세가 발생할 수 있음을 주의해야 합니다.

② 주류중개업자의 재고 보유 및 세금계산서 작성

 - 문서번호: 서면-2025-소비-4360 (2026.02.11.)

 - 쟁점: 주류중개업 면허자가 직접 매입을 통해 재고를 보유할 수 있는지 및 세금계산서 기재 방법

 - 해석: 주류중개업자는 제조·수입업자로부터 구입하여 가맹점 등에 판매해야 하며, 세금계산서 작성 시 모든 품목에 대해 공급가액과 세액을 상세히 기재해야 합니다.

 - 실무 포인트: 유통 과정의 투명성을 위해 품목별 상세 기재 의무를 준수해야 하며, 면허 범위를 벗어난 영업 행위가 발생하지 않도록 관리해야 합니다.

4. 국제조세 및 행정 분야

① 주발초 감액 배당의 비거주자 원천징수 여부

 - 문서번호: 서면-2025-국제세원-1970 (2026.02.04.)

 - 쟁점: 주식발행초과금을 감액하여 비거주자 주주에게 배당할 때 국내원천 배당소득으로 보아 원천징수해야 하는지 여부

 - 해석: 의제배당으로 과세되지 않는 주식발행초과금을 재원으로 한 배당은 국내원천 배당소득에 해당하지 않으므로 원천징수 대상이 아닙니다.

 - 실무 포인트: 외국인 주주 배당 시 자본준비금 감액분은 원천징수 의무가 없으므로 재원을 명확히 구분하여 처리해야 합니다.

② 전자계산서 의무발급자에 대한 세무서의 통지 의무

 - 문서번호: 재정경제부 소득세제과-100 (2026.02.03.)

 - 쟁점: 소득세법상 전자계산서 의무 발급 대상자에게 관할 세무서의 사전 통지가 필수적인지 여부

 - 해석: 관할 세무서장은 부가가치세법령을 준용하여 해당 사업자에게 전자계산서 발급 의무에 대한 통지를 반드시 하여야 합니다.

 - 실무 포인트: 전자계산서 발급 의무 전환 시 세무서 통지 여부를 확인하고, 업무 누락으로 인한 가산세 등의 불이익이 없도록 대비해야 합니다.

담당전문가 곽영국 세무사

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