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"2026년 9월 세무 일정 및 주요 트렌드 정리"

  • 작성자 관리자
  • 등록일 26-09-07
  • 조회 84
Ⅰ. 2026년 9월 주요 세무일정

1. 9월 10일 (목)
· 원천세 신고·납부 (2026년 8월분)
· 인지세 납부 (2026년 8월 작성분)
· 취업 후 학자금 상환(ICL) 원천공제 신고·납부 (2026년 8월분)
· 지방소득세 특별징수분 신고·납부 (2026년 8월분)
· 주민세 종업원분 신고·납부 (2026년 8월분)
2. 9월 15일 (화)
· 근로내용 확인신고서 제출 (일용근로자, 2026년 8월분)
· 근로장려금 반기신청 마감 (2026년 상반기 근로소득분, 9.1.~9.15.) ※ 자녀장려금은 반기 지급 대상이 아니며 정산 시 지급
3. 9월 28일 (월)   ※ 납부기한 9.25.(금) 추석 → 다음 영업일 연장
· 개별소비세(과세유흥장소) 신고·납부 (2026년 8월분)
4. 9월 30일 (수)
· 법인세 신고·납부 (6월 결산법인, 2025.7.1.~2026.6.30.)
· 양도소득세 예정신고·납부 (2026년 7월 양도분)
· 법인세 중간예납 (1월 결산법인, 2026.2.1.~7.31.)
· 법인세 중간예납세액 분납 (12월 결산법인 중 일반법인, 8.31. 신고분)
· 종합부동산세 합산배제·과세특례 신고 (9.16.~9.30.)
· 재산세 납부 (토지분 전액·주택분 2기, 9.16.~9.30.)
· 간이지급명세서(거주자 사업소득·기타소득) 제출 (2026년 8월 지급분)
· 일용근로소득 지급명세서 제출 (2026년 8월 지급분)
· 용역제공자 과세자료 제출 (2026년 8월 소득 발생분)
· 개별소비세(석유류·담배)·교통·에너지·환경세 신고·납부 (2026년 8월분)
· 교육세 정기신고·납부 (금융·보험업자 6월 결산법인, 2025.7.1.~2026.6.30.)
· 교육세 중간예납 (금융·보험업자, 2026.5.1.~7.31.분)

▶ 핵심 체크포인트
· 종합부동산세 합산배제·과세특례 신고(9.16.~9.30.) : 이달 놓치면 12월 정기고지에서 되돌리기 어려운 가장 중요한 일정입니다. 합산배제 임대주택·사원용주택·주택신축용 토지 등을 보유하고 계신 경우 기한 내 신고해야 과세대상에서 제외됩니다. 이미 신고하신 분도 임대 물건의 추가·제외, 임대료 증액 제한 위반 여부 등 변동사항이 있으면 반드시 정정신고가 필요합니다.
· 6월 결산법인 법인세 신고(9.30.) : 2025.7.1.~2026.6.30. 사업연도에 대한 신고·납부 기한입니다. 성실신고확인 대상 법인은 신고기한이 1개월 연장되어 10월 31일이 기한이나, 그날이 토요일이므로 다음 영업일인 11월 2일(월)까지 신고하시면 됩니다. 또한 납부할 세액이 1천만원을 초과하는 경우에는 분납도 함께 검토하시기 바랍니다.
· 법인세 중간예납 분납(9.30.) : 8월 31일에 중간예납을 신고하면서 분납을 선택한 12월 결산 일반법인은 9월 30일까지 잔여 세액을 납부해야 합니다. 중소기업은 분납기한이 2개월이므로 11월 2일까지입니다. 분납분 납부를 놓치면 납부지연가산세가 부과됩니다.
· 추석 연휴에 따른 기한 확인 : 2026년 추석 연휴(법정 공휴일)는 9월 24일(목)부터 26일(토)까지 3일이며, 이어지는 27일이 일요일이어서 실질적으로는 4일을 쉬게 됩니다. 다만 설날·추석 연휴는 일요일과 겹칠 때만 대체공휴일이 지정되는데 이번 연휴는 토요일(9.26.)과만 겹치므로 대체공휴일이 없습니다. 따라서 9월 28일(월)은 정상 영업일이고, 25일이 기한인 개별소비세(과세유흥장소)만 28일로 연장됩니다. 9월 30일(수)은 연장이 없다는 점에 유의하시기 바랍니다.
· 재산세 2기분(9.16.~9.30.) : 토지분 전액과 주택분의 나머지 1/2이 부과됩니다. 과세기준일은 6월 1일이므로 그 이후 처분한 부동산도 올해분은 납부해야 하며, 세액이 250만원을 초과하면 분할납부를 신청할 수 있습니다.
· 근로장려금 반기신청(~9.15.) : 2026년 상반기 근로소득분에 대한 반기신청 기한입니다. 반기신청 제도는 근로장려금만 대상이며, 자녀장려금은 반기신청 시 정기분으로 신청한 것으로 보아 다음 해 정산 때 지급됩니다. 사업주께서는 아르바이트·단시간 근로자의 간이지급명세서와 일용근로소득 지급명세서가 제때 제출되었는지 확인해 주시기 바랍니다. 지급명세서가 누락되면 근로자가 심사에서 소득을 인정받지 못해 지급이 지연될 수 있습니다.

Ⅱ. 2026년 9월 핵심 세무 브리핑
 
2026년 세제개편안이 8월 3일 발표되어 9월 정기국회 심의를 앞두고 있습니다. 부동산 보유·양도 세제와 가업상속공제가 대폭 손질되는 만큼, 연말 확정 전까지의 대응이 어느 해보다 중요합니다. 이달 실무에서 반드시 챙겨야 할 4대 핵심 이슈를 정리했습니다.

1. [개정세법] 2026년 세제개편안 9월 정기국회 심의…종부세, 「주택 수」에서 「주택 가액」 기준으로
현황 : 정부는 8월 3일 2026년 세제개편안을 발표했고, 9월 정기국회 심의를 거쳐 12월 초 확정될 예정입니다. 이번 개편의 핵심은 부동산 보유세제를 주택 수 중심에서 가액 중심으로 전환하는 것입니다.
특징 : 종합부동산세의 경우 2027년 1월 1일부터 1세대 1주택 실거주자의 기본공제를 12억원에서 14억원으로 올리되 비거주 1주택자는 9억원으로 낮추고, 다주택자는 9억원 중 4억원만 기본공제하고 나머지 5억원은 거주주택 가액비율만큼만 공제하도록 하는 방안이 담겼습니다. 공정시장가액비율은 1세대 1주택이 60%에서 70%(2027년)로, 3주택 이상·조정대상지역은 70%(2027년)에서 80%(2028년)로 인상됩니다. 세율은 2027년에 한시적으로 완화된 표가 적용된 뒤 2028년부터 주택 수와 관계없이 과세표준 기준으로 일원화되며, 과세표준 6억~12억원 구간은 1.0%에서 1.3%로, 12억~25억원 구간은 1.3%에서 2.0%로 오르고 상위 구간은 최고 5.0%까지 적용됩니다. 양도소득세는 장기보유특별공제를 2028년부터 단계적으로 거주 중심으로 재편해, 2028년에는 거주 연 6%·보유 연 2%에 공제한도 20억원, 2029년에는 거주기간 연 8%만 인정하고 공제한도를 10억원으로 축소합니다. 비사업용 토지는 2028년부터 장특공제가 배제되고, 개인은 기본세율에 대한 가산율이 10%p에서 20%p로(최고 65%), 법인은 추가과세율이 10%에서 20%로 인상됩니다.
핵심 : 보유 기간이 길다는 이유만으로 받던 혜택이 줄고, 실제 거주 여부와 보유 자산의 가액이 세부담을 가르는 구조로 바뀝니다.
▶ 실무 포인트 : 아직 정부안 단계이므로 구체적인 세율 구간과 시행시기는 국회 심의 과정에서 달라질 수 있습니다. 다만 종부세 개정분이 실제로 적용되는 첫 과세기준일은 2027년 6월 1일이고 장기보유특별공제 개편은 2028년부터이므로, 아직 대응할 시간은 남아 있습니다. 다주택을 보유하신 고객께서는 연말 확정 내용을 확인한 뒤 내년 상반기 중 처분·증여·거주 전환 등의 실행 시점을 설계하실 필요가 있습니다. 비사업용 토지를 장기 보유 중이라면 2027년 말까지의 처분과 2028년 이후 처분의 세부담 차이를 미리 시뮬레이션해 보시기를 권해 드립니다.

2. [개정세법] 가업상속공제 한도 최대 1,000억원으로 확대, 대신 요건은 대폭 강화
현황 : 세제개편안은 가업상속공제의 공제한도를 기존 경영기간별 구간 방식에서 「피상속인 경영연수 × 20억원(최대 1,000억원)」 방식으로 바꾸는 한편, 적용요건과 사후관리를 크게 강화했습니다. 시행은 2027년 7월 1일부터입니다.
특징 : 피상속인의 최소 경영기간이 10년에서 30년으로, 상속인의 가업 종사기간이 2년에서 5년으로, 사후관리기간이 5년에서 10년으로 각각 늘어납니다. 사업용 토지로 인정되는 범위도 건축물 바닥면적의 3~7배에서 수도권 2배·그 밖의 지역 3배로 축소됩니다. 다만 경영기간이 20년 이상 30년 미만인 경우에는 30년에 부족한 기간만큼 상속인의 사후관리기간을 가산해 적용받을 수 있는 보완장치가 마련되어 있습니다. 한편 2028년 1월 1일부터 2030년 12월 31일까지 한시적으로 제3자 사업승계를 지원하기 위해, 매도자에 대한 양도소득세 20% 감면(한도: 경영연수 × 5천만원)과 매수자에 대한 5년간 소득세 또는 법인세 10% 감면(한도 연 5억원)이 신설됩니다.
핵심 : 오래 경영해 온 기업에는 문이 크게 열리지만, 경영기간이 짧거나 승계 준비가 늦은 기업에는 오히려 문턱이 높아지는 개편입니다.
▶ 실무 포인트 : 피상속인 경영기간 30년 요건은 하루아침에 채울 수 없고, 20년 이상 30년 미만이면 사후관리기간이 그만큼 늘어납니다. 현재 대표자의 실제 경영 개시 시점을 객관적 자료로 확인해 두고, 상속인의 가업 종사기간 5년 요건을 충족할 수 있도록 승계 일정을 앞당겨 설계하실 필요가 있습니다. 시행 전인 2027년 6월 30일까지는 현행 요건이 적용되므로, 요건 충족이 임박한 기업이라면 시행 전 승계를 검토해 볼 실익이 있습니다.

3. [실무 일정] 종합부동산세 합산배제·과세특례 신고, 9월 16일부터 30일까지
현황 : 합산배제 임대주택·사원용주택 등을 보유한 납세자와 향교재단 등 과세특례 대상자는 9월 16일부터 30일까지 관할세무서에 신고해야 합니다.
특징 : 기한 내 신고하지 않으면 12월 정기고지에서 해당 주택이 과세대상에 포함되어 세액이 크게 달라질 수 있습니다. 이미 신고한 납세자도 임대 물건의 추가·제외, 임대의무기간 미충족, 임대료 5% 증액 제한 위반 등 변동사항이 있으면 정정신고를 해야 하며, 요건을 충족하지 못한 사실을 신고하지 않으면 추후 경감세액과 이자상당가산액이 함께 추징됩니다.
핵심 : 9월 한 달의 신고 여부가 12월 종부세 고지세액을 결정합니다.
▶ 실무 포인트 : 올해는 세제개편으로 종부세 구조 자체가 바뀌는 시점이어서 더욱 주의가 필요합니다. 임대사업자 등록 말소, 자동말소·자진말소 여부, 사원용주택의 실거주 확인 자료를 신고 전 점검해 주시기 바랍니다. 특히 사원용주택은 최근 국세청 예규에서 고용관계와 종업원의 실거주 확인을 요구하고 있어, 관련 증빙을 갖추어 두시는 것이 안전합니다.

4. [조사 기조] 국세청, 서울청 조사4국·중부청 조사3국에 체납추적 전담팀 신설
현황 : 국세청은 8월 중 서울지방국세청 조사4국과 중부지방국세청 조사3국에 각 1개 팀씩 체납추적 전담팀을 신설했습니다.
특징 : 역외탈세, 법인자금 유출, 명의신탁 재산, 다주택자 저가양도·가장매매 등 부동산 탈세, 주가조작·중복상장 등 주식시장 불공정거래, 법인자산의 사적 사용(초고가 주택·고급 승용차 등)이 주요 대상입니다. 아울러 1만 명 규모의 체납관리단이 하반기에 130조원대 체납액에 대한 실태조사를 진행할 예정입니다.
핵심 : 조사와 징수가 분리되어 있던 기존 방식에서 벗어나, 조사국이 직접 체납 재산을 추적하는 구조로 바뀌었다는 점이 핵심입니다.
▶ 실무 포인트 : 법인 명의로 취득한 고가 주택·차량, 대표자 가지급금, 특수관계자 간 저가양도는 조사 착수 시 가장 먼저 확인되는 항목입니다. 이번 호에서 다룬 대법원 2026두30419 판결도 특수관계 소멸 시 미회수 가지급금이 그대로 익금산입·상여처분된 사안이므로, 결산 전에 가지급금 정리 계획을 세워 두시기를 권해 드립니다.

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담당전문가 김범주 세무사

E-mail.) beomju.kim@hkltax.co.kr