2025년 5월 넷째 주 – 대법원 판례 및 최신세무예규 및 중소기업 기준 개편 시사점

최근 발표된 조세 관련 판례와 중소기업 기준 개편안은 실무자에게 직접적인 영향을 미칠 수 있는 중요 사안들입니다. 이번 주에는 증여세, 위탁매매, 세무조사 절차, 원천징수 환급권, 가업승계 세무예규, 중소기업 매출 기준 등 다양한 주제에 대한 법원 판결과 제도 변화가 있었습니다. 세무법인 H.K.L이 핵심 내용을 요약해드립니다.

1️⃣ 해외 교회 송금 사건 – 일부 증여세 부과는 위법 판단

(대법 2025두30806)

사건 개요
특정 종교단체(*천지)가 해외의 유관 종교단체에 송금한 행위에 대해 과세당국이 증여세를 부과한 사안입니다. 대법원은 수령단체 중 일부는 공익법인 요건을 충족해 증여세 과세대상이 아니라고 보았고, 이에 따라 일부 송금액에 대한 증여세 부과는 위법하다고 판단했습니다. 그러나 나머지 전체적인 송금은 공익성이 불분명하므로 증여세 및 법인세 부과는 정당하다는 결론을 내렸습니다.

시사점
해외 단체와의 금전거래가 모두 면세로 처리되는 것은 아니며, 단체별로 공익법인 해당 여부를 실질적으로 판단해야 합니다. 관련 증빙 자료 확보 및 사전 법적 검토가 필수적입니다.

2️⃣ 국군복지단 납품은 ‘위탁매매’ 거래로 판단

(대법 2023두47473)

사건 개요
군부대 내 복지매점(국군복지단)에 납품하는 거래의 성격을 두고, 일반매매인지 위탁매매인지가 쟁점이 된 사안입니다. 대법원은 해당 거래의 재고 책임, 가격 결정 주체, 수익 귀속 등을 종합 판단하여 위탁매매로 분류했습니다.

시사점
국군복지단에 납품하는 업체는 자체 명의가 아닌 위탁자 명의로 세금계산서를 발행해야 하며, 기존 회계처리 방식 및 계약서 내 세무요소를 재점검해야 합니다. 향후 유사한 납품계약에도 중요한 기준이 될 수 있습니다.

3️⃣ 관세조사 – 조사기간 초과도 정당화될 수 있음

(대법 2022두45647)

사건 개요
관세조사에서 법정조사기간이 종료된 후에도 과세당국이 추가 자료 제출을 요구하고 사실관계를 보완한 사안입니다. 납세자는 이를 ‘조사 연장’으로 보고 위법하다고 주장했으나, 대법원은 조사 연장이 아닌 기존 조사에 대한 보완조치로 판단하여 과세관청의 행위가 정당하다고 판시했습니다.

시사점
조사기간이 초과되었다고 하더라도, 납세자의 자발적 협조 여부 및 강압성 여부, 자료 제출의 성격 등에 따라 적법성이 인정될 수 있습니다. 조사가 장기화될 경우에는 조사 성격을 명확히 문서로 정리하고 커뮤니케이션을 기록해두는 것이 바람직합니다.

4️⃣ *스타 사건 – 환급권 주체는 외국법인이 아닌 ‘원천징수의무자’

(대법 2024다295876)

사건 개요
외국법인이 중간지주회사로부터 배당을 받고 세액이 원천징수되었으나, 이후 법인세 부과가 취소되자 환급을 요청한 사안입니다. 대법원은 원천징수세액은 독립된 납세 행위이므로, 환급 청구권은 실질 수익자인 외국법인이 아닌, 실제 납세자인 국내 원천징수의무자에게 귀속된다고 판시했습니다.

시사점
외국법인과의 거래에서 발생하는 세금 환급 문제는 자칫 납세의무자 귀속 오인으로 이어질 수 있습니다. 계약서 작성 시 세금 귀속 및 환급 청구 권한을 명확히 명시해두는 것이 중요합니다.

5️⃣ 2025년 9월 시행 예정 – 중소기업 매출 기준 개편안

제도 개요
정부는 물가 상승, 공급망 불안정 등의 현실을 반영해 업종별 매출 기준을 상향 조정하는 중소기업 기준 개편안을 2025년 9월부터 시행할 예정입니다. 중기업 기준은 일부 업종에서 최대 1,800억 원까지 상향되며, 소기업 및 소상공인 기준도 세분화되었습니다.

시사점
이번 개편으로 약 573만 개 중소기업이 중소기업 지위를 유지할 수 있게 되었으며, 이에 따라 세제 혜택, 정부지원사업, 조달시장 참여 자격도 계속 유지됩니다. 자사 업종의 변경된 기준을 반드시 확인하고, 초과 우려가 있다면 조기 구조조정이나 지분 분할 전략 검토가 필요합니다.

6️⃣ 가업승계 세무예규 – 과세특례 받은 주식의 가업상속공제 적용 방식

(기획재정부 조세정책과-821, 2025.05.07)

사안 요지
조특법상 증여세 과세특례를 적용받은 주식을 상속 개시 시점에 가업상속공제 대상으로 평가할 경우, 해당 주식의 전체 가액이 아닌 사업무관자산을 제외한 자산 비율을 반영한 금액만 공제 대상이라는 유권해석이 발표되었습니다.

시사점
가업승계를 계획 중인 기업의 경우, 증여 시점 이후 상속이 개시되는 구조에서는 상속개시 시점의 자산 구성에 따라 가업상속공제 적용 금액이 달라질 수 있음에 유의해야 합니다.
→ 사업무관자산 포함 여부, 지분율 유지, 대표자 요건 등을 종합적으로 점검해야 세제 혜택을 온전히 누릴 수 있습니다.

✅ 결론

이번에 소개된 판례와 제도 변경은 세무 실무 전반에 실질적 영향을 주는 내용들로, 거래 유형별 과세 판단, 공제 범위, 자격 요건 등을 명확히 구분하는 기준이 되고 있습니다.
특히 가업승계, 외국법인 거래, 조사 대응, 중소기업 전략 등 실무 각 분야에서의 선제적 준비가 요구됩니다.

세무법인 H.K.L은 실무자와 경영자분들이 변화에 효과적으로 대응할 수 있도록 정기적으로 핵심 이슈를 전달해드리겠습니다.

담당전문가 곽영국 세무사

E-mail.) youngkug.kwak@onsetax.com