■ 조세법 판례와 중소기업 기준 개편의 연계 시사점

1. 관세법 사례: 조사기간 초과와 과세처분의 적법성

다국적 의류기업의 국내 법인은 특수관계에 있는 본사로부터 물품을 수입하면서 제3국 위탁생산업체가 발행한 송장 가격을 기준으로 관세를 신고했습니다. 이에 대해 관세청은 사전조사 기간을 통지했지만, 조사 기간이 종료된 이후에도 추가 자료 제출 요청을 하며 조사 행위를 계속했습니다. 이후 약 2년이 지나 관세를 증액 고지하자 법인은 조사 행위가 위법하다고 주장하며 소송을 제기했습니다.

법원은 과세관청의 행위가 적법하다고 판단했습니다. 조사 종료일 이후에 이뤄진 자료 요청과 검토는 새로운 조사가 아닌 기존 자료에 대한 보완 행위로 보았고, 세관 공무원이 현장을 방문하거나 강압적인 방식으로 조사를 진행하지 않았으며, 납세자 역시 자발적으로 협조한 점이 인정됐기 때문입니다.

이 사례는 국세 분야의 세무조사에도 적용 가능한 기준을 제시하는 것으로, 조사 기간을 초과하더라도 조사 내용의 성격과 납세자의 협조 태도에 따라 정당성이 인정될 수 있음을 보여줍니다.

팁: 세무조사 과정에서는 조사 종료 전에 가능한 모든 자료를 제출해 불필요한 조사 연장을 방지하고, 조사 연장 시 조사 범위 및 내용의 합리성과 정당성을 문서화해두는 것이 중요합니다.

2. 법인세법 사례: 론스타 사건과 원천징수세액 환급 주체

이 사례는 외국 법인인 원고가 국내 고정사업장이 있다고 본 과세관청이 법인세를 부과하면서, 중간 지주회사에 배당금을 지급하며 원천징수된 세액을 기납부세액으로 공제한 후 벌어진 사건입니다. 이후 법인세 부과가 취소되자, 외국 법인은 해당 원천징수세액을 환급해달라고 주장했습니다.

원심은 환급청구권이 외국 법인에게 있다고 보았으나, 대법원은 이를 뒤집고 환급청구권은 납부 명의자인 원천징수의무자에게 있다고 판시했습니다. 원천징수세액은 이미 독립적으로 납부된 세금이며, 부과취소만으로 자동적으로 외국 법인의 환급권이 발생하는 것은 아니라는 판단입니다.

이 판례는 조세 환급권의 귀속 주체를 판단함에 있어 납세의무자의 법적 지위가 얼마나 중요한지를 보여주는 대표 사례입니다.

팁: 외국법인 또는 대리납부 방식이 관련된 거래에서는 과세주체와 환급청구권 귀속 주체를 사전에 명확히 정리해 계약서에 반영하는 것이 필요합니다.

3. 중소기업 범위기준 개편안: 매출기준 중심의 유연한 조정

2025년 9월 시행 예정인 중소기업 기준 개편안은, 최근의 물가 상승, 원자재 가격 상승, 글로벌 공급망 악화 등으로 인해 실질적 성장이 없음에도 단순 매출 증가로 중견기업으로 분류되는 현상을 해소하고자 마련된 정책입니다.

기존에는 업종별로 설정된 매출 기준이 지나치게 경직돼 있어, 매출이 늘어난 기업들이 자동적으로 중소기업 지위에서 졸업하게 되는 일이 잦았습니다. 이에 따라 정부는 업종별 매출 구간을 보다 세분화하고, 물가상승률과 경상성장률을 반영해 현실적인 기준을 마련했습니다.

중기업은 44개 업종 중 16개, 소기업은 43개 업종 중 12개 업종의 매출 상한 기준이 상향 조정되었으며, 이를 통해 약 573만 개 중소기업이 세제 감면, 조달시장 참여, 정부지원사업 등의 혜택을 안정적으로 받을 수 있게 될 전망입니다.

팁: 중소기업으로서의 지위를 유지하는 것은 세제나 자금지원 혜택을 받는 데 매우 중요합니다. 개편안 시행 전에 본인의 업종별 기준을 확인하고, 기준 초과 우려가 있다면 기업 구조나 사업 전략을 미리 조정하는 것이 좋습니다.

■ 종합적 시사점

이번에 소개된 두 가지 조세법 판례는 모두 과세 및 환급의 주체 판단, 절차의 적법성 등 세무행정의 기본 원칙을 다룬 것이며, 중소기업 기준 개편안은 이러한 세무 실무 및 정책이 현장의 경제 환경 변화에 어떻게 대응해야 하는지를 보여주는 예시입니다.

세무조사 대응, 환급청구, 중소기업 자격 유지 등 실무에서 자주 맞닥뜨리는 문제들을 위 판례 및 제도 개편과 연계해 해석함으로써 보다 전략적이고 유연한 기업 대응이 가능해질 것입니다.