안녕하세요. 곽영국 세무사입니다.
이번 2026년 2월 뉴스레터에서는 주요 판례 13건과 국세청 최신 예규·해석 12건을 함께 분석했습니다.
모두 최근 실무에서 쟁점이 되고 있는 핵심 이슈를 다루고 있습니다.
Ⅰ. 최근 법령·판례 동향 (13건)
1. 2025도13674 – 실물거래 없는 세금계산서 수수의 의미
쟁점: 재화·용역의 공급 없이 세금계산서를 발급·수취한 경우의 의미와 행위주체 범위가 문제되었습니다.
판단: 대법원은 실물거래는 당사자 간 구속력 있는 합의 등 원인에 기초한 공급의 존재를 뜻하고, 세금계산서 기재가 실제 거래를 유효하게 표상하는 정도에 이르러야 하며 행위주체는 ‘자료상’으로 한정되지 않는다고 판시했습니다.
결론: 대법원은 원심판결을 파기환송했습니다.
2. 조심2025중3367 – 부과제척기간 임박 과세예고통지의 절차적 위법성
쟁점: 과세관청이 부과제척기간 만료 직전에 과세예고통지를 하여 과세전적부심사청구권을 사실상 박탈한 것이 적법한지 문제되었습니다.
판단: 심판원은 예외 규정은 정상적인 조사 후 불가피하게 시일이 촉박한 경우에 한해 적용되어야 하고, 과세관청의 장기 업무해태로 납세자의 절차적 권리를 제한하는 데에는 적용될 수 없다고 보았습니다.
결론: 심판원은 처분을 취소했습니다.
3. 2023두38295 – 특정외국법인 유보소득 배당간주 재적용 요건의 특수관계 해석
쟁점: 유보소득 배당간주 재적용 요건에서 시행령상 ‘특수관계’ 판단 시 동일 국가 소재 외국법인 간에도 특수관계가 성립하는지 문제되었습니다.
판단: 대법원은 조세법규는 문언에 충실하게 해석해야 하고, 시행령의 치환 규정은 ‘내국법인’을 ‘특정외국법인’으로 한정하여 바꾸는 범위에서 해석해야 한다고 판시했습니다.
결론: 대법원은 상고를 기각했습니다.
4. 2022두31112 – 외국인투자 감면결정 이후 추가 취득지분 배당의 감면 적용 여부
쟁점: 당초 감면결정에 포함되지 않은 지분을 추가로 취득한 외국투자가의 배당금에 감면이 적용되는지와 조세조약 제한세율 적용 시 산정방법이 문제되었습니다.
판단: 대법원은 당초 감면결정에 포함되지 않은 기존주식 취득분에는 특별한 사정이 없는 한 감면이 적용되지 않고, 제한세율 적용 대상의 경우 감면 적용 후 세액과 제한세율에 따른 세액을 비교해 더 적은 세액을 납부세액으로 산정하는 방식이 전제된다고 판시했습니다.
결론: 대법원은 상고를 기각했습니다.
5. 조심2023서9876 – 특수관계자 채권 포기의 정당성과 대손금 인정 여부
쟁점: 특수관계인에 대한 관리보수 채권 포기가 임의 포기인지 경영상 정당한 대손인지가 문제되었습니다.
판단: 심판원은 손실 확대 및 소송 위험을 회피하기 위한 조건 변경에는 경제적 합리성이 있고, 변경된 약정상 조건이 성취되지 않아 권리 자체가 확정되지 않은 경우 실현되지 않은 소득을 과세할 수 없다고 보았습니다.
결론: 심판원은 처분을 취소했습니다.
6. 2023두45507 – 환급창구운영 용역의 ‘금전대부업과 유사한 용역’ 해당 여부
쟁점: 외국인관광객 환급 대행 과정의 수수료 관련 용역이 부가가치세법상 금전대부업 또는 유사 용역으로서 면세인지 문제되었습니다.
판단: 대법원은 면세 규정은 엄격해석해야 하며, 금전대부업과 유사한 용역으로 보려면 장래 일정 금액을 돌려받을 것을 전제로 금전을 교부하는 등 금전대부업의 본질적 요소가 포함되어야 한다고 판시했습니다.
결론: 대법원은 원심판결을 파기환송했습니다.
7. 2023두41055 – 상속세 고지의 처분성 및 본세 미확정 상태의 납부불성실가산세 부과
쟁점: 하나의 납세고지서가 부과처분과 징수처분의 성질을 함께 가질 수 있는지와 본세가 확정되지 않은 상태에서 납부불성실가산세를 부과할 수 있는지 문제되었습니다.
판단: 대법원은 납세고지서 문언 등에 따라 부과·징수 성질을 함께 가질 수 있으나, 납부불성실가산세는 본세가 유효하게 확정되어 납세의무가 인정되는 것을 전제로 하므로 전제가 없으면 부과할 수 없다고 판시했습니다.
결론: 대법원은 원심판결을 파기환송했습니다.
8. 조심2025서2118 – 평가심의위 시가 적용 배제(사후 급등 매매사례가액의 소급 적용)
쟁점: 증여일 이후 단기간 내 급등한 매매사례가액을 증여 당시 시가로 소급 적용할 수 있는지 문제되었습니다.
판단: 심판원은 개발 호재 등으로 단기간에 가격변동의 특별한 사정이 발생한 경우 사후 매매가액을 증여 시점 시가로 보기 어렵고, 특별한 가격변동이 없었다는 점은 과세관청이 입증해야 한다고 보았습니다.
결론: 심판원은 처분을 취소했습니다.
9. 2025두34147 – 재건축 청산금납부분 장기보유특별공제의 거주기간 판단
쟁점: 재건축으로 청산금을 납부하고 취득한 신축주택을 양도할 때 청산금납부분 양도차익의 거주기간 요건(2년) 판단 범위가 문제되었습니다.
판단: 대법원은 기존건물분 양도차익은 기존주택과 신축주택 거주기간을 통산하되, 청산금납부분 양도차익은 신축주택에서의 거주기간만으로 거주요건 충족 여부를 판단해야 한다고 판시했습니다.
결론: 대법원은 상고를 기각했습니다.
10. 2025두34935 – 상속주택 양도 시 장기보유특별공제의 거주기간 의미
쟁점: 상속으로 취득한 주택을 양도하는 경우 장기보유특별공제에서 ‘거주기간’을 어떻게 산정하는지 문제되었습니다.
판단: 대법원은 거주기간은 양도자가 해당 주택을 취득한 날부터 양도일까지의 보유기간 중 실제 거주한 기간을 의미하고, 취득 원인이 상속인 경우에도 동일하게 해석된다고 판시했습니다.
결론: 대법원은 상고를 기각했습니다.
11. 2025두34823 – 특정법인 증여의제의 ‘거래를 한 날’(증여일) 의미
쟁점: 특정법인과 특수관계인이 저가양도·양수 거래를 한 경우 구 상증세법상 ‘증여일’로 보는 ‘거래를 한 날’의 의미가 문제되었습니다.
판단: 대법원은 구 상증세법 제45조의5 제1항에서 정한 ‘거래를 한 날’은 해당 재산의 양도일로서 해당 재산의 대금을 청산한 날로 보는 것이 타당하다고 판시했습니다.
결론: 대법원은 상고를 기각했습니다.
12.2025두34929 – 관리신탁계약의 신탁 해당 여부와 취득세 과세
쟁점: 부동산의 등기명의만 이전하고 수탁자에게 실질적인 관리·처분권이 없는 계약이 신탁법상 신탁에 해당하는지와 이를 전제로 한 취득세 부과가 적법한지 문제되었습니다.
판단: 대법원은 수탁자가 신탁재산에 관한 일체의 관리·처분권을 가질 수 없고 수익자가 언제든 종료할 수 있는 등 실질이 신탁의 본질에 반하는 경우 신탁법상 신탁으로 볼 수 없으며, 계약 동기·목적 및 권리·의무 내용을 종합해 실질에 따라 판단해야 한다고 판시했습니다.
결론: 대법원은 상고를 기각했습니다.
13. 2015두58959 – 마일리지 사용액은 에누리에 포함되어 과세표준 불포함
쟁점: 고객이 마일리지(포인트)로 대금 일부를 결제한 금액이 부가가치세 과세표준(공급가액)에 포함되는지 여부가 문제되었습니다.
판단: 사전 약정에 따른 대가 할인은 통상의 공급가액에서 직접 공제되는 에누리에 해당하여 과세표준에 포함되지 않고, 시행령 조항만으로 마일리지 상당액을 무조건 과세표준에 포함한다고 단정할 수 없다고 판시했습니다.
결론: 대법원은 원심판결을 파기하고 사건을 환송했습니다.
Ⅱ. 최근 예규·해석 동향 (12건)
1. 서면-2025-법인-4315(외화자산 평가방법 신고서 경정청구 가능 여부)【법인세】
요지: 법인세 신고 시 화폐성외화자산등평가방법신고서를 제출하는 것이므로 경정청구로 평가방법을 변경할 수 없습니다.
답변: 금융회사 등이 아닌 법인이 환위험회피용통화선도등에 대해 시행령상 특정 평가방법을 적용하려면 신고서와 함께 제출해야 하며 경정청구로 평가방법 변경은 불가합니다.
2. 사전-2025-법규법인-0930(영업권 감정가액 차액의 취득가액 포함 여부)【법인세】
요지: 세무조사 과정에서 확인된 영업권의 최종 시가에 따라 기존 양도가액과 시가의 차액을 추가 지급하고 지급을 완료한 경우 그 차액은 영업권 취득가액에 포함됩니다.
답변: 영업권을 양수한 법인이 추가로 지급한 차액은 법인세법 시행령상 취득가액에 포함된다고 회신했습니다.
3.서면-2023-법규법인-1674(결손금 소급공제 취소 후 이월결손금 공제 가능 여부)【법인세】
요지: 결손금 소급공제를 받지 아니한 것으로 수정신고한 후 이후 사업연도에 이월결손금으로 공제할 수 있습니다.
답변: 국세기본법에 따른 수정신고 후 법인세법에 따라 이후 사업연도 과세표준 계산 시 이월결손금 공제가 가능하다고 회신했습니다.
4. 서면-2024-부가-4878(상속인 한정승인 시 대손세액공제 시기)【부가가치세】
요지: 채무자 사망으로 상속인이 한정승인하여 상속재산에서 매출채권 회수가 객관적으로 불가능함이 입증되면 대손세액공제가 가능합니다.
답변: 대손세액공제 시기는 상속한정승인의 수리일이 속하는 과세기간의 확정신고 시라고 회신했습니다.
5. 서면-2024-소득-4572(폐업 후 동일 세분류 업종 재개 시 창업 해당 여부)【조세특례】
요지: 개인사업자가 폐업 후 폐업 전 사업과 같은 종류의 사업을 다시 개시하는 경우 조세특례제한법상 창업으로 보지 않으며 같은 종류 판단은 표준분류 세분류를 따릅니다.
답변: 질의 사례는 조세특례제한법 제6조제10항제3호에 따라 창업으로 보지 않는다고 회신했습니다.
6. 서면-2024-원천-1054(퇴직소득 전액 범위)【종합소득세】
요지: 소득세법 시행령상 ‘퇴직소득 전액’은 확정급여형 퇴직연금제도에서 지급받는 퇴직소득 전액을 의미합니다.
답변: 2013년 3월 1일 전에 확정급여형퇴직연금제도에 가입한 사람이 퇴직소득 전액을 새 연금계좌로 이체하면 연금수령연차의 기산연차는 6년차라고 회신했습니다.
7. 서면-2025-법규부가-4596(무상 보너스포인트의 자기적립마일리지 해당 여부)【부가가치세】
요지: 용역 구입실적에 따라 무상으로 받은 보너스포인트를 추후 결제수단으로 사용하면 그 사용액은 자기적립마일리지에 해당합니다.
답변: 보너스포인트로 대가의 전부 또는 일부를 결제하는 경우 그 사용액은 부가가치세법상 자기적립마일리지에 해당한다고 회신했습니다.
8. 서면-2025-법규소득-4277(IPO 목표 공모가 미달 차액보상금 원천징수)【종합소득세】
요지: 공모가격이 목표가격에 미달할 때 지급하는 차액보상금은 열거된 이자소득 등에 해당하지 않아 내국법인 간 지급 시 원천징수의무가 없습니다.
답변: 해당 차액보상금에 대하여 법인세법 제73조제1항에 따른 원천징수의무가 없다고 회신했습니다.
9. 서면-2025-법인-4001(분할신설법인 교부주식 시가 산정방법)【법인세】
요지: 분할신설법인이 분할법인에 지급한 교부 주식의 시가는 분할등기일 현재 법인세법 제52조에 따른 시가입니다.
답변: 적격분할 사후관리 요건 위반으로 분할매수차손익을 산정하는 경우 분할 당시 주식 가액은 분할등기일 현재 법인세법 제52조제2항에 따른 시가라고 회신했습니다.
10. 재정경제부 재산세제과-3(종교사업 헌금의 사후관리 대상 포함 여부)【상속증여세】
요지: 종교사업에 출연하는 헌금(부동산 및 주식 또는 출자지분으로 출연하는 경우 제외)은 공익법인 사후관리대상 출연재산에서 제외됩니다.
답변: 종교사업에 출연하는 헌금은 상속세 및 증여세법 제48조제2항 단서 및 시행령 제38조제1항에 따라 사후관리대상 출연재산에서 제외된다고 회신했습니다.
11. 재정경제부 재산세제과-10(친족 지배 기업집단 소속 법인의 특수관계 해당 여부)【상속증여세】
요지: 본인과 친족관계에 있는 자가 사실상 영향력을 행사하는 기업집단의 소속기업은 본인의 영향력 행사 여부와 관계없이 상증법상 특수관계인에 해당합니다.
답변: 친족이 사실상 영향력을 행사하는 기업집단의 계열회사는 상속세 및 증여세법 시행령 제2조의2제1항제3호가목에 해당한다고 회신했습니다.
12. 재정경제부 조세특례제도과-12(중소기업 이탈·복귀 후 재이탈 시 유예기간 적용 여부)【조세특례】
요지: 유예기간 배제사유로 중소기업에서 이탈했다가 복귀한 법인이 유예기간 적용사유로 다시 이탈하는 경우 유예기간 적용이 가능합니다.
답변: 질의안 중 유예기간 적용 가능(1안)이 타당하다고 회신했습니다.
담당전문가 곽영국 세무사
E-mail.) youngkug.kwak@hkltax.co.kr
