안녕하세요.

이번 뉴스레터에서는 최근 확정된 대법원 및 고등법원 주요 판례와 최신 세무 예규·해석사례를 심층 분석하였습니다.
실무 담당자와 경영진이 반드시 숙지해야 할 내용과 적용 시 주의할 점을 상세히 정리하였으니, 업무와 세무계획에 참고하시기 바랍니다.

Ⅰ. 최근 법령·판례 동향 (10건)

1. 대법 2021두59908 : 국내 미등록 특허 사용료 소득의 국내원천소득 인정 여부 (법인세)

외국 특허권이 국내에 등록되지 않았더라도, 해당 특허기술이 국내에서 실제로 제조·판매 등에 사용되었다면 그 대가로 지급된 사용료 소득은 국내원천소득에 해당합니다. 이는 특허권 속지주의 원칙을 넘어 특허기술의 실질적인 국내 사용 여부를 기준으로 국내원천소득을 판단해야 한다는 중요한 판례입니다.

2. 대법 2024두60435 : 부가가치세 대손세액공제 시 '대손'의 객관적 확정 기준 (부가가치세)

부가가치세법상 대손세액 공제는 채무자의 파산 등으로 채권 전부의 회수불능 사실이 객관적으로 확정된 경우에 인정됩니다. 납세의무자가 임의로 채권 회수를 포기한 특별한 사정이 없다면, 회수불능이 확정되기 이전에 회수 가능성이 있었다는 사정만으로는 대손세액 공제 적용을 부정할 수 없습니다.

3. 대법 2023두34644 : 온라인 플랫폼 할인쿠폰 금액의 매출 에누리액 인정 범위 (부가가치세)

온라인 예약 플랫폼 사업자가 이용객에게 발행한 할인쿠폰 금액을 제휴점으로부터 받을 용역 수수료에서 공제하고 남은 잔액만 수취한 경우, 이 할인쿠폰 금액은 부가가치세법상 에누리액으로 인정되어 플랫폼의 용역 공급가액에 포함되지 않습니다. 에누리액은 재화나 용역의 공급 시기 전으로 발생 시기가 한정되지 않습니다.

4. 대법 2025두33779 : 종합부동산세 1세대 1주택자 판단 시 지방 저가주택 소유 세대원의 영향 (종합부동산세)

주택 소유자가 1주택을 소유하더라도, 같은 세대 내 다른 세대원이 지방 저가주택을 소유한 경우에는 해당 주택 소유자를 1세대 1주택자로 볼 수 없어 추가 공제(5억 원) 및 세액공제 특례를 적용받을 수 없습니다.

5. 대법 2025두33456 : 회생계획에 따른 출자전환 자본증가 등기의 등록면허세 과세 여부 (지방세법)

법원의 인가된 회생계획에 따라 출자전환으로 인한 자본증가 등기가 이루어졌다면, 이는 개정 지방세법에 따라 등록면허세 과세대상에 해당합니다. 등록면허세는 재산권의 실질적인 변동이 아닌 등기 또는 등록이라는 사실 자체를 과세물건으로 합니다.

6. 대법 2024두47074 : 제2차 납세의무자에 대한 과세예고통지 생략 가능 여부 (국세기본법)

이미 확정된 주된 납세의무의 징수를 위한 단계에서 제2차 납세의무자를 지정하는 처분에 대해서는, 주된 납세의무자에게 과세 전 단계에서 이미 절차가 거쳐졌으므로 별도의 과세예고통지 절차를 거칠 필요는 없다고 판단했습니다.

7. 대법 2025두33121 : 회생절차 진행 중인 과점주주의 제2차 납세의무 부담 여부 (국세기본법)

체납법인의 납세의무 성립 당시 회생절차가 진행 중이어서 법원의 감독을 받는 관리인에게 주주권에 관한 권한이 전속되는 채무자는, 특별한 사정이 없는 한 제2차 납세의무를 부담하는 과점주주 지위에 있지 않습니다.

8. 대법 2024두63830 : 국세부과 제척기간 임박 시 과세예고통지 생략의 엄격성 (국세기본법)

국세부과 제척기간 만료일까지 기간이 3개월 이하인 때에도 원칙적으로 과세예고통지를 하여야 합니다. 과세예고통지를 생략할 수 있는 '특별한 사정'은 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 기간이 매우 임박하고 납세자가 누릴 절차적 이익이 거의 없는 경우에 한하며, 이에 대한 증명책임은 과세관청이 부담합니다.

9. 대법 2025다211104 : 당연무효가 아닌 과세처분에 대한 부당이득 반환청구 (국세기본법)

조세의 과오납이 부당이득이 되기 위해서는 해당 과세처분의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효여야 합니다. 국가가 원천징수 대상이 아닌 소득에 대해 납부고지를 했더라도, 해당 납부고지 처분이 당연무효가 아니라면 납부금을 법률상 원인이 흠결된 부당이득으로 보아 반환을 청구할 수는 없습니다.

10. 대법 2025두33790 : 유언대용신탁의 수익권이 부동산 처분대금 분배권인 경우 취득세 부과 여부 (지방세법)

유언대용신탁에 따라 수익자가 취득한 수익권의 내용이 부동산 처분대금에 관한 분배권에 불과한 경우에는 수익자가 신탁재산인 부동산을 사실상 취득한 것으로 볼 수 없어 취득세 납세의무가 없습니다.

Ⅱ. 최근 예규·해석 동향 (12건)

1. 기획재정부 금융세제과-322 : 미국법인의 지주회사 전환 과정에서 주식 전환 시 양도의 범위 (양도소득세)

미국법인이 지주회사로 재편되는 과정에서 주주의 의사와 무관하게 기존 주식(A주식)이 완전모회사 주식(B주식)으로 1:1 전환된 경우, 전환 전후 주식의 수량, 가치, 권리 내용이 동일하더라도 소득세법상 '유상으로 사실상 이전'하는 양도에 해당하여 양도소득세 과세 대상이 됩니다.

2. 기획재정부 재산세제과-660 : 특수관계법인 간 사업 양수 시 일감떼어주기 과세 범위 (상속세 및 증여세법)

지배주주 및 친족이 30% 이상 보유한 법인이 특수관계법인으로부터 사업을 양수하는 것은 상속세 및 증여세법상 '사업기회를 제공받은 경우'에 해당하지 않아 증여의제 과세 대상이 아닙니다.

3. 기획재정부 재산세제과-720 : 법인의 재산가치 증가에 따른 주주 이익 계산 방법 (상속세 및 증여세법)

법인의 재산가치 증가(예: 법인 소유 토지 개발계획 변경 인가)로 주주가 이익을 얻은 경우, 증여재산가액은 토지의 가치 증가분이 아닌, 법인세법 시행령에 따라 계산된 주식의 가치 증가분을 기준으로 산정해야 합니다.

4. 기준-2024-법규법인-0193 : 콜옵션 행사자 무상 지정 시 자산수증이익 (법인세)

제3자 지정 콜옵션부 전환사채를 발행한 법인이 다른 내국법인을 해당 콜옵션의 행사자로 무상으로 지정한 경우, 해당 콜옵션의 가액은 콜옵션을 부여받은 법인의 자산수증이익에 해당합니다.

5. 서면-2025-법규법인-0797 : 일반 전환사채 전환권 행사 시 채무면제이익 여부 (법인세)

특수관계인이 아닌 채권자 사이에서 일반적인 전환사채의 전환권 행사로 주식을 발행하는 경우, 전환사채의 전환권 행사로 인한 채무면제이익은 발생하지 않는다는 기존 해석을 재확인했습니다.

6. 기준-2024-법규재산-0085 : 특수관계인 간 저가 양도 시 증여세 비과세 (상속세 및 증여세법)

법인이 특수관계인에게 시가에 미달하는 가액으로 자산을 양도하여 양수자에게 그 차익에 대해 소득세가 과세되는 때에는 증여세를 부과하지 않는다는 기존 과세 방법을 재확인했습니다.

7. 사전-2025-법규소득-0526 : 중소기업 특별세액감면 적용 시 주된 사업 판단 기준 (조세특례제한법)

거주자가 2이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우 수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 보아 중소기업 여부를 판단합니다. 중소기업에 해당하지 않는 인적용역 수입금액이 더 큰 경우에는 출판업 등 다른 사업 소득에 대해서도 중소기업 특별세액감면을 적용받을 수 없습니다.

8. 서면-2024-부동산-2798 : 상생임대주택 특례 적용 시 상속 승계 (양도소득세)

피상속인이 체결한 직전 임대차계약을 동일 세대원인 상속인이 승계하여 임대하는 경우, 피상속인과 상속인의 임대기간을 합산하여 요건을 충족한다면 해당 계약은 상생 임대차계약에 해당하여 상생임대주택 특례를 적용받을 수 있습니다.

9. 서면-2022-부가-4455 : 국내 생산 소 수정란의 부가가치세 과세 여부 (부가가치세)

축산물에서 채취한 정액과 난자는 원생산물로 면세 대상이나, 인공 수정단계를 거쳐 만들어진 소 수정란은 원생산물 본래의 성상이 변한 것으로 보아 부가가치세가 과세됩니다.

10. 서면-2023-부가-2687 : 프랜차이즈 업자의 절단 돈육 공급 부가세 과세 여부 (부가가치세)

프랜차이즈 사업자가 절단한 돈육에 염지제를 도포하여 공급하는 경우, 신선도 유지를 위한 염장일 경우 면세되지만, 조미를 하여 맛과 향을 냄에 따라 돈육의 성질이 변하였다고 볼 수 있을 때에는 과세됩니다. 이는 구체적인 가공 정도에 따라 사실판단할 사항입니다.

11. 서면-2024-부가-4933 : 국민주택 노후 승강기 교체공사 부가가치세 면세 여부 (부가가치세)

기존에 완공된 국민주택 규모 아파트에 대한 노후 승강기 교체공사는 주택법 등에 따른 리모델링 용역에 해당하지 않는다면 국민주택의 건설용역에도 해당하지 않아 부가가치세가 과세됩니다.

12. 서면-2025-부가-1204 : 사업자가 학교에서 제공하는 진로캠프 용역 부가세 면세 여부 (부가가치세)

사업자가 주무관청의 허가 또는 인가를 받은 학교 내에서 해당 학교 학생을 대상으로 학교장의 책임 하에 일정한 요건을 갖추어 제공하는 진로캠프 용역은 면세되는 교육용역의 범위에 포함될 수 있습니다. 다만, 구체적인 사실관계를 확인하여 면세 여부를 최종 판단해야 합니다.

담당전문가 곽영국 세무사

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